As práticas em pesquisa científica no Centro Universitário do Sul de Minas tiveram início no ano de 2002 quando foi criada a Coordenação de Iniciação Científica, que implantou políticas que visassem a inserção da pesquisa na localidade.

No ano de 2006, a instituição firmou convênio com a Fundação de Amparo à Pesquisa em Minas Gerais – FAPEMIG que financiou 8 bolsas de Iniciação Científica por meio do Programa de Bolsas de Iniciação Científica – PIBIC. Já em 2007 este número aumentou para  17 bolsas.

Nos anos que se seguiram, a pesquisa continuou avançando com a participação no Programa de bolsas BIC Júnior, com 10 bolsas para estudantes da rede pública da Educação Fundamental II e Médio.

Sendo selecionado como unidade habilitada à execução de atividades de P&D pelo Ministério de Ciência e Tecnologia, desenvolveu parcerias com várias empresas privadas da região.

A abrangência dos programas de iniciação científica aumentou, tendo, atualmente, a oferta de 25 bolsas de Iniciação Científica para os acadêmicos, 20 bolsas BIC Júnior para estudantes de Ensino Fundamental e Médio e cerca de 10 bolsas da própria FEPESMIG.

Em 2014, foi celebrado junto à outras universidades estrangeiras a criação de uma rede de convênios para pesquisa, a Rede ACINNET. Esta é composta por universidades de 9 países. Em 2015, o Unis sediou o I Congresso Internacional e foram apresentadas mais de 100 pesquisas científicas.

Ainda em 2015, a Revista Interação, foi recomendada pela CAPES com estratificação B5 em 4 áreas de conhecimento. Também, em junho deste ano, foi finalizado acordo para pesquisa com a Universidade de Taubaté (Unitau) e com várias empresas do sul de Minas.

Em 2016, é promovido o II Congresso Internacional (www.ci.unis.edu.br) que marca o primeiro semestre do ano e que passa a ser uma tradição institucional entrando para o calendário acadêmico e regional. O departamento venceu 5 prêmios de inovação entre 2016 e 2019.

Há 4 anos, o departamento atinge mais de 800 publicações por ano (incluindo periódicos, eventos, livros e capítulos de livros).

Em 2019, com a aprovação e recomendação do primeiro Mestrado Acadêmico em Gestão e Desenvolvimento Regional pela CAPES, o CEPI é reorganizado em Diretoria de Inovação e o Departamento de Pesquisa. Ao mesmo tempo, a FAPEMIG aprova a concessão de duas bolsas para o Mestrado através do PAPG.